▶R&D예산 조정·배분 체계화=과학기술혁신본부 신설 등 R&D 예산 편성의 전문성 제고를 위해 행정체계를 개편(’04.10)하고, 국가과학기술위원회의 평가 결과를 예산조정에 체계적으로 반영했다.
▶연구기획 강화=국가R&D사업의 전략적 추진을 위해 R&D 토탈 로드맵을 작성하는 한편 부처 간 공동기획이 필요한 사업은 공동으로 연구·기획하는 제도를 도입했다. 대형 R&D사업의 경우에는 먼저 기획을 하고 사업의 타당성을 확인한 후에 연구비를 신청하는 선기획 후예산 제도도 도입했다.
▶연구관리의 효율화=전자협약제도, 원-클릭 과제확인체제 등 연구관리의 정보화를 추진했고, 연구비 지급 소요기간 단축, 연구비관리 인증제 및 학생인건비 풀링제 시범사업 실시 등 효율적인 연구비 관리를 위한 제도 개선을 실시했다. 아울러 연구자의 사기진작 및 연구현장의 애로사항을 해소하기 위해 관련 제도를 개선했다.
▶성과중심의 평가제도 도입=「국가연구개발사업등의성과평가및성과관리에관한법률」제정 및 시행을 통해 국가 R&D사업 평가를 성과중심으로 전환하고, 「연구성과관리활용 기본계획」을 수립하여 연구성과를 체계적으로 관리하고 활용하는 기반을 구축했다.