노무현 대통령은 2004년 8월 11일 군 사령관급 주요 지휘관 초청 오찬에서 국방부 문민화와 관련해 "이는 장기적 과제이고 이보다 더 중요한 것은 군의 개혁"이라면서 "군 스스로가 자율적으로 협력해서 국방개혁을 성공적으로 추진해 국민들의 신뢰를 얻기 바란다"고 밝혔다.
노 대통령은 의문사위원회의 군 의문사 조사에 대해 "우리 군은 오히려 과거 문제가 됐던 일들을 스스로 밝히는 적극적인 자세를 가지고 정리해나가는 결단이 필요하다"고 주문했다.
남북관계와 관련, 노 대통령은 "언제 무슨 일이 일어날지 항상 긴장하고 경계해야 한다"고 전제한 뒤 "그러나 대통령 입장에서는 그것과 아울러 긴장 그 자체를 풀어버려야 할 임무를 가지고 있다"면서 "이런 새로운 환경 변화에 장관을 중심으로 규범, 군율, 명령에 따라 잘 대응해 나가는 것이 가장 합리적인 방법"이라고 말했다.