노무현 대통령은 2005년 12월 22일 진실·화해를 위한 과거사 정리위원회 위원들에게 임명장을 수여하고 “과거사 정리는 우리 후손들에게 물려줄 역사이므로 아무렇게나 타협하면 좋은 것은 아니고 다음 세대가 의지하고 따를 만한 어떤 준거가 되어야 한다”고 강조했다. 노 대통령은 과거사 정리가 갈등을 일으킬 것이라는 일부의 우려와 관련해 “누구를 공격하고 탓하자는 것이 아니다”라면서 “화해의 전제로서 과거사 정리가 필요하며, 또 필요하면 사과도 하고 고통받은 사람들에 대해서 해원도 해야 한다”고 밝혔다.
노 대통령은 또 “향후 위원회 활동을 통해 과거사 정리에 관한 제도보완과 국민통합으로 한 걸음 더 나아갈 수 있도록 좋은 길을 만들어 달라”고 당부했다.