노무현 대통령은 2006년 5월 4일 '방과후 학교 확산을 위한 교육감 및 교육장과의 열린 대화'에서 교육격차 해소와 사교육비 절감을 위해 정부가 추진하고 있는 방과후 학교와 관련, “이 문제만큼은 국채를 발행해서라도 반드시 해야 한다”며 강한 의지를 피력했다. 노 대통령은 "교육부에서 다른 예산을 줄여서 여기에 쓰도록 하고, 정 깎을 데가 없으면 기획예산처에서 돈을 내놓아야 한다"며 방과후 학교가 성공할 수 있도록 최대한 지원할 것을 약속했다.
노 대통령은 또 “지자체가 나서줘야 경쟁이 생길 수 있고, 지자체간 행정의 성과 문제로 연결돼야 돈의 효율성이 높아진다”며 방과후 학교의 효율적 운영을 위해 지방자치단체가 적극적으로 나서줄 것을 주문했다. 이와 관련 “지방자치단체와 지역사회가 긴밀하게 결합되지 않으면 효율성을 높이기 어렵다”며 "지역사회에서 협의체를 만들어 교육혁신포럼, 클러스터가 만들어지는 것도 좋은 방법"이라고 제안했다.
노 대통령은 방과후 학교에 부정적 인식에 대해 “방과후 학교가 문제점과 약점도 있을 수 있다. 이것보다 학교 공교육을 살릴 더 좋은 대안이 있으면 얼마든지 대통령으로서 지원하겠다"고 전제하고 "그러나 다른 대안이 없는 한 이것이라도 해야 한다. 대안 없이 흔들지는 말았으면 좋겠다”고 말했다.