노무현 대통령은 2006년 7월 1일 제주특별자치도 출범 축하 메시지를 통해 '오늘부터 제주는 외교, 국방, 사법을 제외한 모든 분야에서 고도의 자치권을 갖게 된다'며 '1천 건이 넘는 중앙정부 권한이 이미 제주로 이양되었다'고 밝혔다. 또한 노 대통령은 '제주가 특별자치도가 된 것은 그럴만한 역량이 있기 때문'이라며 제주의 아름다움과 높은 자치역량을 높게 평가했다.